Чёрное озеро расположено в широкой долине р. Ус на генеральном водораздельном участке Западного Саяна. С южной оконечности озера вытекает ручей, впадающий в р. Ус. Озеро расположено на скальном уступе, обрывающемся на севере в долину р. Амыл, глубоко врезанную. И небольшие ручьи с северной оконечности озера впадают в р. Амыл. Озеро окружено сглаженными отрогами, которые на северо-западе от озера разорваны параллельными рядами гряд с заболоченными долинами между ними. В южной части озеро мелководное и обильно заросшее макрофитами. Здесь же есть губки, из рыб — хариус и налим.