Село Ключи известно с 1800 г. Основано, вероятно, староверами, по крайней мере, до 1980-х гг. в селе находилась старообрядческая деревянная часовня, вывезенная в этнографический музей.
Село расположено по северо-западной стороне Кяхтинского тракта (А340 – федеральная автомагистраль Улан-Удэ – Кяхта – граница с Монголией), на юго-западной окраине Иволгинской долины (Иволгино-Удинская межгорная впадина) перед перевалом, через который автомагистраль идёт в Оронгойскую долину. Название селу дано по родникам, бьющим на склонах близлежащих гор.
Например, со стороны хребта Хамар-Дабан к западу от села находится Янгажинский аршан (здравница «Утан-Булаг»), комплекс из 12 минеральных источников разного химического состава. С другой стороны автомагистрали, у подножия Ганзуринского кряжа, ключ Станционный.
Ганзуринский кряж составляет северную границу горной системы Селенгинского среднегорья и примыкает к предгорьям хребта Хамар-Дабан на северо-западе. Кряж простирается он с юго-запада на северо-восток на протяжении около 50 км. В наиболее широкой части кряж имеет ширину 19-20 км. Наибольшая абсолютная высота находится в районе урочища Хундэлэн к юго-востоку от села Ключи в 8 километрах, и составляет 1072,9 м. Средние высоты колеблются в пределах 700-800 м над уровнем моря.
В структуре растительного покрова кряжа преобладают сосновые леса – травяные остепненные и экспозиционная горная лесостепь. Наряду с господствующей сосновой лесостепью, встречаются ильмовая горная каменистая лесостепь с Ulmus pumila L. Характерны заросли кустарников из Rosa davurica Pallas, R. acicularis Lindley, Cotoneaster melanocarpus Fischer ex Blytt., Ribes diacantha Pallas.
Рельеф в окрестностях села Ключи – пологие гряды в сочетании с системами увалов и неглубоких падей.