Климат рассматриваемой территории резко континентальный, отличается холодной продолжительной зимой, коротким и теплым летом и кратковременными переходными периодами. Суровая зима продолжается до семи месяцев.
Устойчивый снежный покров формируется в середине октября, таяние происходит в конце апреля.
Микрорельев поверхности мелко-бугристо-западинный. В понижениях скапливаются поверхностные стоки. В верховьях долины находятся цепь мелких озер старичного и термокарстового происхождения.
В геоморфологическом отношении село Кескил расположено на I пойменной террасе р.Алдан, в устях рек Амга и Томпо.
Район расположен в области сплошного распространения вечномерзлотных пород. Глубина сезонного протаивания составляет 1,5 – 3,0 метра.
Растительность в районе распределена неравномерно, причем преобладают болотные разновидности, представленные травами, мхами, кустарниками. Лесной массив в основном преобладает брусничный зеленомошный с участками осоковых моховых болот, а также березовой голубичной зеленомошной в сочетании с вейниковыми и осоковыми лугами.
Почва вблизи берега пойменная нейтральная и карбонатная, в основном преобладают таежные глеевые, гумусово-перегнойные, почвы мерзлотных трещин. Состав почвы – среднесуглинистый.