Озеро Глубокое находится среди глухих, заболоченных лесов Рузского района, ближайший населенный пункт — дер. Новогорбово. Площадь озера составляет около 59 га, а глубина достигает 32 метров. Это самое глубокое озеро в Московской области. Вода чистая.Температура в придонных слоях постоянна в течение года и составляет 4-6°C. На дне озера обнаружены голубые глины и валуны, которые свидетельствуют о его ледниковом происхождении. Из северной части озера вытекает река Малая Истра.
Со всех сторон озеро окружено смешанным лесом (береза, осина, ель, дуб, в подлеске лещина, бересклет, рябина). Берега (кроме небольшого участка на юге) заболочены, прибрежная растительность состоит из тростника, хвоща, камыша.На урезе воды произрастают белокрыльник болотный, вахта трехлистная, кувшинки, стрелолист.
На озере размещается гидробиологическая станция Института проблем экологии и эволюции им. А. Н. Северцова РАН, основанная в 1891 году.