Истоки ботанического сада восходят к 1836 году, когда была основана садоводческая фирма Кристиана Вильгельма Шоха с семенной лавкой в Риге и питомником на ее окраине (Ганибу Дамбис). Когда питомник разросся, в 1898 году он был перемещен в Саласпилс.
Фирма Шоха ввозила саженцы из Европы, в том числе от знаменитой Берлинской фирмы Л. Шпета. Перед Первой мировой войной из Саласпилсских питомников ежегодно продавалось по 50-60 тысяч саженцев плодовых деревьев, как и множество декоративных растений как в Латвии, так и по всей Европейской части России.
Во времена независимой Латвийской Республики Саласпилсский питомник был крупнейшим в Балтийских государствах как по территории, так и по ассортименту. Перед концом Второй мировой войны, в 1944 году в Саласпилсе был организован Государственный Питомник плодовых деревьев и ягодников (в 1947 году переименованный в Садоводческую испытательную станцию), где широко выращивались также декоративные растения. По инициативе латвийских ученых – профессоров П. Галениека, А. Калниня, Я. Судраба и академика А. Озола, 1 сентября 1956 года на основе накопленных коллекций (более 2000 видов и сортов) и богатых садоводческих традиций был основан Ботанический сад Академии Наук Латвийской ССР.
Общая площадь сада в то время была 198 га (сейчас 129 га). При основании ботанического сада были определены его основные задачи: научные исследования в ботанике, декоративном садоводстве, озеленении, интродукции, генетике и селекции растений, а также их популяризация. В 1968 году саду был присвоен статус научно-исследовательского института.
После восстановления государственной независимости Латвии, в 1992 году Ботаническому саду был присвоен статус Национального ботанического сада, таким образом законом он был признан образовательным, культурным и научным объектом государственного значения.