Щель Мардакова расположена между горой (хребтом) Крымская-Долгая (501,1 м н.у.м.) и северными отрогами Маркотхского хребта, а именно горы Сахарная Голова (448 м н.у.м.). По дну ущелья протекает довольно полноводная в сезон дождей, но часто пересыхающая в разгар лета безымянная речка, являющаяся правым притоком реки Липки, берущая своё начало от родников на северном склоне горы Сахарная Голова. Общая длина щели Мардакова около семи-восьми километров. Склоны ущелья почти полностью поросли густым грабово-дубовым лесом.