А здесь можно отметить рубрику "подземные органы"?

Да. Отметил.

Беда в том, что "подземные органы" поставлены в оппозицию надземным - теперь листья неохвачены

Вот я поэтому и задала вопрос...

Надо бы в рубрикации предусмотреть дополнение, а не противопоставление (с плодами, кстати, тоже)...

Это в обоих случаях не противопоставление, но уточнение. "Подземные органы" - часть общего "вегетативные", а "плоды" -часть генеративных. Если вы будете в подборке изображений фильтровать по вегетативным вообще, вам выдаст всё, включая подземные. Зато если нужны только они - выбрать только подземные как частый случай. С плодами аналогично. При необходимости просмотра в больших подборках очень актуальный инструмент, для чего и был сделан.