Цифровой Гербарий МГУ

Обсуждение / Ресурсы по ботанике / Форум

06.09. 6 сентября начата оцифровка отдела Средней Азии Ежедневно число отсканированных образцов в Цифровом гербарии МГУ будет увеличиваться примерно на 4 тысячи, пока не достигнет к концу октября показателя в 906 тыс. сканов. В январе 2018 г. все эти данные будут опубликованы на портале https://plant.depo.msu.ru/

10.09. Некоторое время назад в Цифровом гербарии МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) в паспорте каждого образца появилась красная надпись "Сообщить об ошибке", через которую пользователи в свободной форме могут сообщать о любых проблемах портала - неверных определениях, ошибках геопривязки, неточностях в распознавании этикеток и проч. Порядок наших действий в этом случае таков: - мы сразу же меняем ключевые метаданные образца (в данном случае - название вида); - указываем в закладке "Этикетка" автора переопределения, даже если сама этикетка пока целиком не заполнена; - раз в году мы вынимаем все переопределенные через портал образцы, клеим детерминанточки и делаем их ресканы (причем более высокого качества) - следующая такая выемка предстоит в начале октября этого года. Мы сканировали гербарий и создавали портал Цифрового гербария МГУ в том числе и для уточнения таксономической принадлежности наших растений. Надеюсь, с каждым днём число присланных определений будет только расти. Спасибо Александру Эбелю - это первое в системе сообщение о неверном определении образца MW0150847, собранного М.С. и Е.А. Игнатовыми во время экспедиции в Горный Алтай в 1981 г. :)

12.09. Пять тысяч этикеток и пять тысяч привязок: два важных рубежа преодолены сегодня На портал Цифрового гербария МГУ залиты следующие этикетки и геопривязки для двух тысяч образцов путем полуавтоматической стыковки базы данных с уже имевшимися электронными материалами: - Кипр (около 1000 листов); - Канарские острова (около 200 листов); - Азорские острова (около 200 листов); - мхи Владимирской области (около 600 образцов). Статистика на сегодня: Привязано к карте: 5707 Этикеток: 5217 В ближайшее время мы будем продолжать публикацию автоматически и полуавтоматически стыкуемых электронных материалов, которые основаны на растениях из фондов Гербария Московского университета

12.09. Поиск по карте В Цифровом гербарии МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) сегодня внедрен поиск образцов по карте, разработанный на кафедре картографии и геоинформатики географического факультета МГУ. Как он работает? В основе геопоиска - привязка образцов к районам Гербария, которые большинству пользователей были не всегда хорошо знакомы. Теперь появилась возможность увидеть их на интерактивной карте. В "Расширенном поиске" напротив поля код района появился значок-картинка. Нажав на нее, на экране пользователь видит интерфейс с картой районов нашего гербария. Можно выбирать районы (1-2-3 и т.п.) в любом наборе - они будут отражаться как подсвеченные и на карте, и в списке справа. Пользователь, таким образом, может получить правильное представление о районировании коллекции и легко сделать географическую выборку.

15.09. Новая функция: уникальные ID для смешанных сборов Регулярно в Гербарии МГУ и на нашем портале (https://plant.depo.msu.ru/) попадаются образцы со смешанными сборами. С одной стороны, это растения, считавшиеся одним и тем же видом во время сбора и монтировки, но определенные в дальнейшем как разные виды, смонтированные на один образец. С другой стороны, иногда для экономии бумаги два-три сбора мелких растений одного и того же вида приклеивались на один лист. Для целей создания базы данных к номеру штрихкода, который приклеен в правом верхнем углу образца, мы добавляем префиксы "-1", "-2" и т.д. для обозначения частей смешанных образцов. Из-за этого число образцов в Цифровом гербарии МГУ постепенно будет опережать число изображений. Пример № 1. Судя по этикетке, этот вид гладыша был собран в Крыму Н.Н. Кауфманом в трех разных местах. Такой образец внесен в нашу базу данных трижды (MW0621514-1, MW0621514-2, MW0621514-3) с повторяющейся картинкой. Пример № 2. Когда А.П. Серёгин собирал эти манжетки на Ештыколе (Алтай) в 2008 г., то был уверен, что они принадлежат к одному виду. Однако знаток рода Alchemilla А.В. Чкалов определил их как Alchemilla aperta (верхняя) и A. krylovii (нижняя). Их номера будут MW0091405-1 и MW0091405-2.

16.09. Полный каталог «Herbarium Alchemillarum» доступен на https://plant.depo.msu.ru/ «Herbarium Alchemillarum» профессора В. Н. Тихомирова — одна из именных коллекций Гербария Московского университета. В «Herbarium Alchemillarum» хранятся 3960 образцов, принадлежащих к 119 видам. Многие виды представлены в Гербарии Московского университета только в этой коллекции. Самые представительные сборы имеются из Московской и Владимирской областей и Республики Мордовия. В общей сложности В. Н. Тихомирову передали свои сборы несколько сотен человек. «Herbarium Alchemillarum» хранился на кафедре морфологии и систематики высших растений вплоть до 2000 года, когда после кончины В. Н. Тихомирова по настоянию куратора И. А. Губанова это собрание было передано в Гербарий. Профессор В. Н. Тихомиров не проверял определения манжеток в географических разделах Гербария, опираясь исключительно на собственную коллекцию. Однако она во всех отношениях превосходна, и почти в два раза превышает прочий материал по роду из Восточной Европы. Исходя из этого, было принято решение хранить и впредь эту коллекцию отдельно в качестве одного из именных собраний. Согласно практике, сложившейся в Гербарии, еще в 2004 г. был подготовлен полный каталог этой коллекции. И вот настал момент объединить каталог «Herbarium Alchemillarum» с базой данных этикеток Цифрового гербария МГУ. С помощью полуавтоматической стыковки данных по номерам В. Н. Тихомирова нам удалось найти каталожные записи для 3566 образцов - для каждого из них этикетка заполнена без разбора по полям. Общее число заполненных этикеток на портале Цифрового гербария МГУ превысило 10 000 штук.

Наталья, большое спасибо за детальный отчёт о работе! Очень заинтриговала информация об онлайн атласе флоры России...

Здорово! Очень-очень жду, когда же будут образцы растений Кавказа :) Не знаете примерно?

Давно уже.. :rolleyes:

А как найти? Ой, поняла, Спасибо!

Замечательно! С каждым днем все лучше :) Даже немного поработал :rolleyes:

Коллеги, напоминаем о возможности просмотра образцов через Таксономический браузер - https://plant.depo.msu.ru/module/taxonpublic или https://plant.depo.msu.ru/open/public (сразу с галереей превьюшек сканированных образцов; поиск по названию)

Опять попридираюсь :) В заголовке страницы - некие "направления": Ну очень казённо :/ Я понимаю, "направления" - это термин из внутреннего административного жаргона, но на сайт-то его зачем вытаскивать? Можно же более человеческим языком написать. Раз "депозитарий живых систем", то речь должна идти не о "направлении", а, как следует из содержания меню, о группе живых систем. Так вот вместо слова "направление" можно написать "группа (организмов)", а в меню вместо "Все направления"- "Все группы".

Сегодня на портал Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) залит большой массив текстовых данных по флоре Крыма, основанных на гербарных образцах. На сегодняшний день в базу данных включено 20 116 полнотекстовых расшифровок этикеточных данных, или 63% от общего объема крымского отдела Гербария МГУ. Ну а общее число этикеток в базе составляет уже без малого 29 тыс. штук. Постепенно мы продолжаем геопривязку этикеток, в т.ч. уже распознанных и внесенных в базу. Так, из крымских образцов 2 383 листа уже имеют отметки на карте. Красная кнопка "Сообщить об ошибке" в паспорте каждого образца действует на все случаи жизни: здесь пользователь может сообщить о неточностях прочтения рукописных этикеток или указать на ошибочную геопривязку сбора. С октября 2017 г. сведения с распознанных этикеток и геопривязки будут экспортироваться из Цифрового гербария МГУ в международный агрегатор данных о биоразнообразии GBIF.

Наш портал ( https://plant.depo.msu.ru/ ) - одна из трех ветвей "Ноева ковчега", представленных в Интернете. Также здесь представлены направления "Животные" ( https://animal.depo.msu.ru/ ) и "Микроорганизмы и грибы" ( https://micro.depo.msu.ru/ ). На портале "Животные" уже развернуты некоторые информационные ресурсы, созданные в Зоологическом музее МГУ за последние годы.

Мы загрузили 25 тыс. этикеток Кавказа!!! Теперь на портале Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) 54 тыс. полнотекстовых расшифровок этикеток и свыше 9 тыс. геопривязок. В форме "Поиск по этикеткам" в графу коллектор можно смело вбивать фамилии великих ботаников прошлого, своих научных руководителей или коллег - среди 50 тыс. оцифрованных этикеток наверняка найдутся их сборы.

Здорово!!!

Автоматическая геопривязка: что это такое? Сегодня мы загрузили на портал Цифрового гербария МГУ ( https://plant.depo.msu.ru/ ) геопривязки для 2120 образцов Крыма. Они были сделаны автоматически, что сэкономило кучу наших сил и средств. Как это работает? Полтора года назад небольшая выборка крымских образцов была привязана Татьяной Гавриловой в ходе подготовки диплома бакалавра "Моделирование распространения растений на примере зонтичных флоры Крыма" ( https://istina.msu.ru/diplomas/26924206/ ). Неделю назад мы загрузили на портал свыше 20 тыс. полнотекстовых расшифровок крымских этикеток. Теперь же мы состыковали два массива, снабдив геопривязками те этикетки, текст которых (география и экология) полностью совпал с одним из привязанных к карте образцов зонтичных. Через некоторое время часть нашего массива получит еще несколько тысяч автоматических привязок как только мы внедрим первые элементы давно придуманного нами алгоритма ИСТРА (Интеллектуальная Система Топонимического Распознавания и Атрибутирования). ИСТРА будет опираться не только на топонимику, но и на совпадение дат и коллекторов. Выйдет немножко грубо, но любая геопривязка лучше, чем ее отсутствие. Естественно такие образцы получат особую отметку. Сейчас у 11278 образцов Цифрового гербария МГУ есть отметки на карте. Если Вам интересно ползать по карте и искать пункты по старым рукописным описаниям - присоединяйтесь!

Как здорово вы развиваетесь!!!

Статья про Гербарий в Известиях РАН

Дмитрий; по поводу поста 66 - проверьте, пожалуйста, стало ли работать быстрее? Технические работы проводились...

Да, теперь страница открывается быстро (поскольку показывается превьюшка). Единственное, текст ссылки для доступа к полноразмерному изображению ("600dpi") не очень к месту. Это, видимо, сканирование проводилось с таким разрешением, но сейчас-то какая разница? Для растрового изображения, показываемого в Интернете, важны пиксели и "вес". Я бы предложил написать на ссылке "Полноразмерное изображение" (что, собственно, описывает результат щелчка по ней). И добавил бы указания на размеры. Например, так: Пользователям станут понятны размеры бедствия. Ну и в заголовке документа с полноразмерной картинкой надо бы писать не "scan.jpg", а название вида.

Название..с ним долго решали, что делать.. В итоге название полноразмерной картинки специально содержит идентификационный номер (со штрих-кода), т.к. это постоянный атрибут образца. Название - в какой системе? Принятой для хранения в коллекции? по Catalogue of Life? Там часто приняты такие, которые у нас вообще ни в одном, даже самом новом, конспекте флоры вообще не упоминаются. А переопределят если?.. А номер остаётся неизменным, это именно сам образец. По остальным вопросам не знаю пока, уточню.

Логично выводить актуальное (соответствующее текущему определению) название в рамках системы, принятой в коллекции (она ведь принята, не так ли?). Номер - это для компьютеров.

По частям ответы: Дмитрий, данные о размере такого формата, как в примере (6393×10262 px, 40.6 Mb), в системе просто не хранятся :rolleyes: 600dpi и 300dpi даны как стандартные обозначения детальности сканирования объектов. (600dpi - для типов, 300dpi - для всех остальных). Штрихкод, конечно, набор цифр. Но не название там, вроде, ещё и потому, что всё равно ведь нужна уникальная запись для каждого отдельного листа, а образцов, например, распространённых видов может быть несколько сотен, - к ним всё равно понадобится дописывать что-то (тот самый штрихкод включать, который и есть уникальный идентификатор). Вместе с тем, название при просмотре страницы паспорта образца прописано (точнее - все возможные названия, а принятое в коллекции выделено особо), а на полноразмерном изображении собственно видно на этикетке.. Примерно такая логика.