Заказник «Голубые озёра» расположен на северо-западе Минской области, в границах национального парка «Нарочанский». Группа из 13 небольших озёр разбросана меж камовых холмов и озовых гряд, образованных в результате переотложения горных пород водами тающего Валдайского ледника. Самое крупное озеро заказника – Болдук имеет глубину 39,7 м, второе по величине озеро Глубля – 26,8 м.
На склонах холмов преобладают сосново-еловые боры, в низинах – смешанные леса, луга и болота.
В заказнике произрастают уникальные реликтовые растения, такие как венерин башмачок (Cypripedium calceolus), тюльпан лесной (Tulipa sylvestris) и козелец Рупрехта (Scorzonera glabra).
В 2005 году природному комплексу «Голубые озёра» присвоен статус ключевой ботанической территории.
На территории заказника проложена экологическая тропа, проходящая по гребню озовой гряды, включающая в себя 3 маршрута протяжённостью 7, 4 и 3 км. Они проходят по сильно пересеченной местности: гребню озовой гряды (бывшая панская дорога), хвойному лесу, по берегам живописных озер, через реку Страчу, одну из самых быстрых рек Беларуси, вдоль заболоченной местности.