Расположены Губерлинские горы в 30-40 километрах к западу от города Орска на правобережье Урала. Представляют собой размытый край высокой орской степи, сильно расчлененный и изрезанный долиной реки Губерли, логами и ущельями ее притоков. Горы не возвышаются над степью, а лежат ниже ее. Занимают горы неширокую полосу вдоль долины реки Урала, к северу переходя в высокую орскую степь, а к западу, на правобережье Губерли, сменяются грядовым низкогорным рельефом. Пологий восточный склон Губерлинских гор незаметно переходит в равнину, на которой расположен город Новотроицк. Территория около 400 квадратных километров. Вершины Губерлинских гор невысоки, не выше 400-430 метров над уровнем моря. Над долиной реки Урал они возвышаются не более чем на 200-250 метров. Однако расчлененность рельефа весьма значительна.