Река Малая Киргизка – левый приток р. Большая Киргизка (относится к бас. р. Томи). Площадь бассейна р. Мал. Киргизка — около 70 кв. км. Основная часть бассейна расположена в пределах административных границ Муниципального образования "Город Томск" (северо-восточная часть города); истоки р. Мал. Киргизка находятся в Томском сельском районе. На исследованной территории к настоящему времени обнаружено около 800 видов сосудистых растений почти из 400 родов и 100 семейств. Аборигенный компонент флоры состоит почти из 600 видов; среди них 18 видов внесены в «Красную книгу Томской области».