Город Дубна расположен на правом и левом берегу Волги. С северо-востока он ограничен рекой Дубна, с запада — Иваньковским водохранилищем.
В черте города находится несколько лесопарковых зон. Одна из них — вокруг Лаборатории Ядерных Проблем ОИЯИ (Объединенного Института Ядерных Исследований). В этом парке проложены лыжные маршруты и даже насыпана песчаная горка (пик Тяпкина) для тренировки начинающих горнолыжников. Здесь преобладают песчаные почвы, и расположен сосновый бор. По парку протекает небольшая река Чёрная. В этом месте лес смешанный (ель, сосна, береза, осина). Весной здесь массово цветёт Hepatica nobilis.
Еще одна крупная лесопарковая зона со смешанным лесом — в районе Нового шоссе и ул. Большеволжская. Здесь, под линией электропередач и на опушках — заросли Lupinus polyphyllus.