Алагирское ущелье прорезает северные склоны Кавказа, в низовьях образуя узкую теснину в Лесистом хребте, ранее труднопроходимую. В связи с этим на входе в теснины ущелья издавна существует святилище Ныхасы-Уастырджи, где путник мог принести жертву на счастье. Сейчас в этом месте установлен памятник. Борта и дно ущелья в низовьях сложено известняками, горные склоны поросли лиственными лесами, в нижнем горном поясе с доминированием дуба, граба и бука, выше — берёзы. По дну ущелья протекает р. Ардон и проходит Военно-Осетинская дорога в Южную Осетию, а также газопровод и ЛЭП.