Остров Кий расположен в Онежской губе Белого моря, в 8 км от устья реки Онеги, в 15 км от города Онега. Длина острова около 1,5 км, ширина не превышает 800 метров. Площадь — около 0,5 км². Через заливаемую во время прилива перемычку — Перейму — Кий-остров на северо-западе соединяется с соседним Фаресовым островом. С небольшим Крестовым и некоторыми другими островами они иногда объединяются в Кийский архипелаг. Остров сложен из гранитных скал (выход коренных пород Балтийского щита), в некоторых местах береговой полосы — песчаные пляжи.