Сюгатинская долина имеет тектоническое происхождение и расположена между низкогорными крайними восточными отрогами Заилийского Алатау — горами Торайгыр и Богуты (Согеты), в междуречье Чарына и Чилика. Название местности происходит от тюркоязычного выражения "су кетты", которое в буквальном смысле означает: вода ушла. Она представляет собой платообразную поверхность слегка наклонную к северу-востоку и заполненную аллювиальными обломочными отложениями. Абсолютные высоты колеблются от 900 до 1200 м н.у.м на протяжении 50 км. Это крайне аридная местность сочетающая участки глинистой, глинисто-щебнистой и щебнистой пустынь (местами с солоноватыми и засоленными почвами) с очень незначительной бугристостью и невысокими выходами коренных пород в ее восточной части. Водных источников, за исключением нескольких маломощных артезианских колодцев у подножий гор Богуты — нет. Годовое количество осадков составляет около 150 мм, большая доля которых приходится на зимне-весенний сезон. Растительность представлена различными видами ксерофитов, суккулентов, эфимеров и эфимероидов.