| А |
 | Адонис мелкоцветковый | Adonis parviflora Fisch. ex DC. |
| Адонис мелкоцветный | Adonis parviflora Fisch. ex DC. |
| Арча зарафшанская | Juniperus seravschanica Kom. |
| Астрагал длиннолодочный | Astragalus macrotropis Bunge |
| Астрагал длинноноготковый | Astragalus macronyx Bunge |
| Астрагал орехоносный | Astragalus nucifer Bunge |
| Астрагал самаркандский | Astragalus macronyx Bunge |
| Астрагал согдийский | Astragalus sogdianus Bunge |
| Астрагал сомнительный | Astragalus quisqualis Bunge |
| Астрагал Федченко | Astragalus fedtschenkoanus Lipsky |
| Астрагал федченковский | Astragalus fedtschenkoanus Lipsky |
| Б |
| Борщевик Лемана | Heracleum lehmannianum Bunge |
| Борщевик Леманна | Heracleum lehmannianum Bunge |
| Буквица буквицецветная | Stachys betoniciflora Rupr. ex O. Fedtsch. et B. Fedtsch. |
| Буквица олиственная | Stachys betoniciflora Rupr. ex O. Fedtsch. et B. Fedtsch. |
| Буниум персидский | Bunium persicum (Boiss.) B. Fedtsch. |
| Бурачок пустынный | Alyssum desertorum Stapf |
| Бурачок туркестанский пустынный | Alyssum desertorum Stapf |
| В |
| Василисник малый | Thalictrum minus L. |
| Василистник малый | Thalictrum minus L. |
| Василистник холмовой | Thalictrum minus L. |
| Вероника Борнмюллера | Veronica argute-serrata Regel & Schmalh. |
| Вероника каратавская | Veronica argute-serrata Regel & Schmalh. |
| Вероника остропильчатая | Veronica argute-serrata Regel & Schmalh. |
| Ветреница Черняева | Anemone tschernjaewii Regel, orth. var. |
| Вика маловолосистая | Vicia subvillosa (Ledeb.) Boiss. |
| Вишня бородавчатая | Cerasus verrucosa (Franch.) Nevski |
| Ворсянка ворсянковидная | Dipsacus dipsacoides (Kar. & Kir.) Botsch. |
| Ворсянка лазоревая | Dipsacus dipsacoides (Kar. & Kir.) Botsch. |
| Г |
| Герань поперечная | Geranium transversale (Kar. & Kir.) Vved. |
| Герань поперечноклубневая | Geranium transversale (Kar. & Kir.) Vved. |
| Горечавка Оливье | Gentiana olivieri Griseb. |
| Горечавка Оливьера | Gentiana olivieri Griseb. |
| Горицвет мелкоцветковый | Adonis parviflora Fisch. ex DC. |
| Горошек маловолосистый | Vicia subvillosa (Ledeb.) Boiss. |
| Горошек полуволосистый | Vicia subvillosa (Ledeb.) Boiss. |
| Гусиный лук яйцевидный | Gagea ova Stapf |
| Д |
| Дробноплодница нежная | Chorispora tenella (Pall.) DC. |
| Ж |
| Жимолость Альтмана | Lonicera altmannii Regel & Schmalh. |
| З |
| Зопничек Кауфмана | Phlomoides kaufmanniana (Regel) Adylov, Kamelin & Makhm. |
| И |
| Ирис самаркандский | Juno maracandica Vved. |
| К |
| Касатик самаркандский | Juno maracandica Vved. |
| Катран котчиевский | Crambe kotschyana Boiss. |
| Катран Кочи | Crambe kotschyana Boiss. |
| Катран Северцова | Crambe kotschyana Boiss. |
| Козлобородник маликский | Tragopogon malikus S.A. Nikitin |
| Круглец остроконечный | Neslia apiculata Fisch., C.A. Mey. & Avé-Lall. |
| Кузиния теневая | Cousinia umbrosa Bunge |
| Кузиния учикашская | Cousinia outichaschensis Franch. |
| Л |
| Лапчатка восточная | Potentilla orientalis Juz. |
| Лапчатка закаспийская | Potentilla pedata Willd. ex Hornem. |
| Лапчатка стоповидная | Potentilla pedata Willd. ex Hornem. |
| Ломкоплодник нежный | Chorispora tenella (Pall.) DC. |
| М |
| Миндаль бухарский | Amygdalus bucharica Korsh. |
| Можжевельник зарафшанский | Juniperus seravschanica Kom. |
| Можжевельник зеравшанский | Juniperus seravschanica Kom. |
| Мятлик луковичный | Poa bulbosa L. |
| Н |
| Неслия остроконечная | Neslia apiculata Fisch., C.A. Mey. & Avé-Lall. |
| О |
| Остролодочник Капю | Oxytropis capusii Franch. |
| П |
| Полынь тонкорассечённая | Artemisia tenuisecta Nevski |
| Пустынноколосник Кауфмана | Phlomoides kaufmanniana (Regel) Adylov, Kamelin & Makhm. |
| Р |
| Редечка нежная | Chorispora tenella (Pall.) DC. |
| Роза Э.-К. Эйчисон | Rosa ecae Aitch. |
| С |
| Стародубка мелкоцветковая | Adonis parviflora Fisch. ex DC. |
| Т |
| Тюльпан блестящий | Tulipa korolkowii Regel |
| Тюльпан Королькова | Tulipa korolkowii Regel |
| Тюльпан родственный | Tulipa affinis Botschantz. |
| Тюльпан сходный | Tulipa affinis Botschantz. |
| Тюльпан туркестанский | Tulipa turkestanica (Regel) Regel |
| Ф |
| Фиалка скрытая | Viola occulta Lehm. |
| Фломоидес Кауфмана | Phlomoides kaufmanniana (Regel) Adylov, Kamelin & Makhm. |
| Х |
| Хвойник промежуточный | Ephedra intermedia Schrenk & C.A. Mey. |
| Хвойник средний | Ephedra intermedia Schrenk & C.A. Mey. |
| Хвойник хвощевидный | Ephedra equisetina Bunge |
| Хвойник хвощевый | Ephedra equisetina Bunge |
| Хориспора нежная | Chorispora tenella (Pall.) DC. |
| Хориспора тоненькая | Chorispora tenella (Pall.) DC. |
| Хохлатка Рукшанса | Corydalis ruksansii Lidén |
| Ч |
| Чистец буквицецветный | Stachys betoniciflora Rupr. ex O. Fedtsch. et B. Fedtsch. |
| Чёткоплодник нежный | Chorispora tenella (Pall.) DC. |
| Ш |
| Шиповник Эйчисон | Rosa ecae Aitch. |
| Шиповник Эчисона | Rosa ecae Aitch. |
| Э |
| Эфедра горная | Ephedra equisetina Bunge |
| Эфедра средняя | Ephedra intermedia Schrenk & C.A. Mey. |
| Эфедра хвощевая | Ephedra equisetina Bunge |
| Ю |
| Юнона самаркандская | Juno maracandica Vved. |