Лучше писать топонимы в именительном падеже ("окраина г. Донецк"), т.к. исходную форму названий зачастую восстановить крайне сложно. К примеру - "средний отрезок балки Плотниковой". Имеется в виду "Плотникова балка" или "балка им. Плотниковой"?

С точки зрения упрощения понимания, наверное, оно и лучше, а вот с точки зрения грамматики русского языка - не положено: https://dzen.ru/a/XRHJ-K27pQCvGSlN. Да, русский язык не самый простой для понимания, но мы же пишем на нем, а не изобретаем очередное эсперанто?

Ну что делать - пошли против правил ради однозначности. И больше 10 лет так уже. Так что сделайте одолжение, следуйте нашим традициям.

Вопрос о названии балки остаётся открытым, кстати.

В каком смысле открытым? Я не знаю в честь какого плотника или Плотникова она названа, топоним взят c OSM. Местное население ее (как и многие соседние) называет либо просто балкой либо различными свежепридуманными весьма неблагозвучными именами, которые я не стану озвучивать.

Я так и не понял, это "Плотникова балка" или "балка (им.) Плотниковой"?

Привязка есть - смотрите название точки. Словосочетание "балка им. такой-то", в топонимике встречать не доводилось. Я бы не был столь категоричен: https://www.plantarium.ru/page/landscape/id/7507.html https://www.plantarium.ru/page/landscape/id/60239.html https://www.plantarium.ru/page/landscapes/point/1646.html etc.

Вместо того, чтобы искать исключения, не лучше ли осознать целесообразность и принять? За пределами сайта - пишите как угодно.

А их и искать не надо, вот, на главной странице прямо: https://www.plantarium.ru/page/landscapes/point/10304.html. Вы в обсуждении этой точки активно поучаствовали, но никаких замечаний и исправлений относительно падежа не сделали. Или Пермь и Донецк - две большие разницы? Я отказываюсь сознательно коверкать язык, ибо скользкий путь, ведущий в бездну (см. пример Украины). Но, уважая данное установленное Вами правило, которые, впрочем, не мешало бы четко обозначить справочном материале, впредь буду стараться формировать обороты речи так, чтобы топонимы в них стояли исключительно в именительном падеже. Увы, для этого придется пожертвовать точностью привязки: писать вместо "окраина Донецка", просто "Донецк", вместо "верховье балки Плотниковой", просто "балка Плотникова" и т. д. Тоже нехорошо, но иного пути соблюсти это правило одновременно с правилами русской грамматики не вижу.